Produção de café com qualidade não é apenas uma alternativa para se agregar valor ao produto, é ter a garantia de sua comercialização mesmo com baixas demandas. Para se garantir nesse mercado que cresce a cada dia, não há grandes dificuldades. Simples modificações no manejo da colheita, secagem e armazenamento, proporcionam um valor mais atrativo ao produtor rural em relação à classificação do grão.

Quanto maior for o tempo de permanência do café na lavoura (na árvore ou no chão), após a maturação, maior serão a incidência de grãos ardidos e pretos, que são considerados, juntamente com os verdes, os piores defeitos do café. Dessa forma, a colheita deve ser iniciada quando a maior parte dos frutos (90%) estiver madura e antes que se inicie a queda desses frutos. Esse período de colheita acontece, em media, sete meses após a floração, que, por sua vez, ocorre por ocasião das primeiras chuvas e/ou com o auxilio do manejo de irrigação.

Não se deve deixar o café recém-colhido nos sacos ou em carretas, para não acontecerem processos fermentativos.  Na etapa de secamento, o café deve ser espalhado em camadas finas (5 cm) imediatamente após a chegada ao terreiro. Revolver o café no mínimo 10 vezes ao dia. Com essas praticas se acelera e uniformiza a secagem, uma vez que toda superfície do fruto recebe os raios solares por igual.

Quando atingirem cerca de 20 a 25% de umidade relativa do ar, o café deve ser amontoado durante a noite e cobrir com lonas plásticas, no máximo por 15 horas e esparramar durante a manhã. Deve-se amontoar o café durante a noite, pois, melhora o aproveitamento de calor e evita o ganho de umidade nesse período. O café deve ser esparramando pela manha, a partir de nove horas, para evitar esfriamento e reabsorção de umidade.

Para se identificar o final da secagem, a umidade do grão deve estar entre 11 a 13%. Para determinar o teor de umidade correto, na prática, deve-se coletar um litro de café seco, no qual este deve pesar em torno de 420 gramas aproximadamente. Quanto maior for a presença de umidade relativa do ar, o produto estará mais sujeito a bebidas de pior qualidade e com maior incidência de defeitos no café.

O café deve ser armazenado em locais que permitam o controle de temperatura, umidade relativa do ar e luminosidade, os quais podem alterar as condições dos grãos, permitindo o crescimento microbiano e conseqüentes deteriorações. É de suma importância dar atenção à fase de armazenamento, pois é nessa etapa em que podem surgir algumas micotoxinas. As micotoxinas são metabólicos tóxicos liberados por vários microorganismos, as quais além de alterarem a qualidade da bebida dos grãos de café, podem ser altamente prejudiciais à saúde dos consumidores. A prevenção pode ser feita a partir do melhoramento de práticas agrícolas e do próprio armazenamento.